于是孔有德受教之后，也就安心了下来，在陆军学堂之中足足呆了两年时间，改了名字之后，被授予了个少尉军衔，当了一个见习副连长，接着被派往香港岛驻守了一段时间，后来随军南下又去后黎朝跟越南人打了几仗，进而转正提拔为了副营长。
这一次北上的时候，他在第九旅旗下任事，作战相当勇猛，立下了不小的战功，转而被拔擢起来当了营长，洪承畴返回陕西的时候，于孝天让孔有德跟着洪承畴返回陕西，作为监视洪承畴的人员，在洪承畴帐下听令。
孔有德这段时间在陕西跟着洪承畴，进剿罗汝才和张献忠的时候，都立下了战功，现在军衔已经被提升到了中校军衔，但是暂时还是领一营为营长，接下来如果有需要的时候，他随时都可以独领一个旅的建制，成为于家军高级军将。
而这一次洪承畴要剿灭李自成，看准李自成可能要走镇原县一带，于是便把孔有德所率的一个营另外带了一部分在陕西新编练的新兵，到了镇原县坐镇负责堵截李自成。
结果出现了一个令人有点啼笑皆非的局面，孔有德大战李自成，后来于孝天得知这件事的时候，当场就笑的把一口茶喷出了老远，这都哪儿跟哪儿呀！简直就是关公战秦琼嘛！可是偏偏因为于孝天意外出现在这个时空之中，却导致了如此荒诞的事情的发生。
李自成完全不知道这时候在镇原县城，居然会藏了这么一支要他命的雄兵，以为像镇原县城这样一个小县城之中，充其量能有几百官军或者乡勇就算是不错了，就算是他们攻城能力不强，只要拼一下，还是可以拿下这座县城的，于是便带着麾下的兵马，呼呼啦啦的把镇原县城给包围了起来。
孔有德其实早就从斥候哪儿得知了李自成率兵攻至镇原县的消息，他琢磨了一下之后，耍了个心眼，决定这一次要在所有人面前露一鼻子，耍一个手段把李自成给留在这里。
于是他下令镇原县提前早早关闭城门，封锁了他领兵驻守在这里的消息，并且将手下所率的两千部下，留下了三个连的兵力留守县城之中，而他自己则率领骑兵连和剩下的精锐，出城不知去向。
李自成率军抵达镇原县城之后，把县城给里三层外三层的包围了起来，然后威胁镇原县的守军立即开城献降，否则的话他攻入城中，便要把县城之中杀一个鸡犬不留。
像这样的事情，李自成干的绝不是第一次了，从他起兵追随高迎祥造反之后，像屠城的事情，已经干的不是一次两次了，往往只要他们攻城的时候，遭遇到城中守军强烈抵抗，为了威吓以后其它的城池守军，他们这些流民军攻下城之后，往往采取极其血腥的手段，在城中大肆屠杀。
但是这一次他的威胁显然没有起到任何作用，镇原县城城墙上毫无反应，反倒是发炮轰死了他派去劝降的几个手下。
李自成大怒之下立即下令开始攻城，数千流民军在李自成核心兵将的驱使之下，开始蜂拥而上，架起云梯蚁附攀城，对镇原县城发动了猛攻。
但是让李自成感到意外的是镇原县城的守军似乎比他想的要多一些，抵抗也相对顽强一些，更让他意外的是守军之中居然有一些可以射很远的火枪，数量虽然不多，但是却很厉害，接二连三的打死了他一些手下的将领，让他的几次进攻都屡屡受挫。
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